Vùng Hải Vân - Sơn Chà hiện diện sự đa dạng về các hệ sinh thái như hệ sinh thái rừng nhiệt đới điển hình, hệ sinh thái san hô, hệ sinh thái cỏ biển, hệ sinh thái vùng triều và hệ sinh thái rừng ngập mặn. Tuy nhiên, nguồn tài nguyên đa dạng sinh học vùng Hải Vân - Sơn Chà đang đứng trước những nguy cơ suy giảm từ những hoạt động của con người như nạn khai thác gỗ trái phép, săn bắt chim, thú hoang dại; chặt phá cây rừng ngập mặn; khai thác quá mức nguồn lợi hải sản, khai thác mang tính hủy diệt (thuốc nổ, xung điện,…) dẫn đến hệ sinh thái rừng ngập mặn hầu như không còn, nhiều loài sinh vật biển và rừng có nguy cơ bị tuyệt chủng.
Để bảo vệ những vùng biển đa dạng sinh học của nước ta, từ năm 2010, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 742/QĐ-TTg Quy hoạch hệ thống khu bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020. Hiện nay, Thủ tướng Chính phủ đã tiếp tục ban hành Quyết định số 45/QĐ-TTg ngày 08/01/2014 Phê duyệt Quy hoạch tổng thể bảo tồn đa dạng sinh học của cả nước đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 (thay thế Quyết định 742/QĐ-TTg ngày 26/5/2010) trong đó, quy hoạch Khu bảo tồn biển Hải Vân- Sơn Chà là vùng dự trữ thiên nhiên với 17.000 ha đến năm 2020.
Để góp phần bảo vệ và cải thiện môi trường, tài nguyên vùng biển Hải Vân - Sơn Chà và thực hiện Quyết định số 742/QĐ-TTg trong thời gian qua và Quyết định số 45/QĐ-TTg hiện nay của Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh Thừa Thiên Huế đã chỉ đạo công tác phân vùng và đã ban hành Quyết định số 2293/QĐ-UBND ngày 05/12/2012 phê duyệt “Kế hoạch phân vùng sử dụng tổng hợp đới bờ tỉnh Thừa Thiên Huế đến năm 2020, định hướng đến 2030”, xác định vùng bảo tồn biển Hải Vân - Sơn Chà thuộc Nhóm vùng bảo tồn, bảo vệ và phục hồi. Đây là vùng lõi của Khu bảo tồn biển Hải Vân - Sơn Chà, từ Bãi Chuối đến hòn Sơn Chà. Trong đó quy định các hoạt động được phép, không được phép và có điều kiện trong vùng bảo tồn.
Hoạt động được phép:
- Quản lý bảo tồn các loài thực vật ngập nước, thảm cỏ và động vật biển, các hệ sinh thái san hô, cỏ biển và môi trường nước biển.
- Điều tra khảo sát phục vụ nghiên cứu khoa học.
Hoạt động không được phép:
- Lấp, đổ đất, đào xới và nạo vét trầm tích;
- Đổ nước thải, rác thải chưa được xử lý;
- Đổ thải các hóa chất nguy hại;
- Khai thác khoáng sản;
- Khai thác hải sản.
Hoạt động có điều kiện:
- Tham quan của du khách;
- Xây dựng công trình (phục vụ mục tiêu bảo tồn)
Việc phân vùng bảo tồn, bảo vệ và phục hồi sinh cảnh, đa dạng sinh học vùng lõi của Khu bảo tồn biển Hải Vân - Sơn sẽ tạo điều kiện phục hồi và phát triển các hệ sinh thái san hô, cỏ biển và các quần thể thủy sinh vật. Bảo vệ và phát triển các giống loài thủy sản đang bị đe dọa, đặc hữu, bản địa trong khu vực; góp phần thực hiện tốt Quyết định 45/QĐ-TTg ngày 08/01/2014 của Thủ tướng Chính phủ./.